メタファウンダー：ブタの遺伝的評価の未来

Everestus Akanno、PhD。、Geneticist、Genesus Inc.

核豚繁殖プログラムの繁殖目的は、市販の交雑種豚の成績を改善することです。しかし、同じ形質（例えば、成長率）のように見えるものは、商業的および核の群れレベルで異なって表現される可能性があり、したがって、管理、生産環境などの違いのために遺伝的に同じではない可能性があります。

その結果、核で達成された遺伝的進歩は、商業的な群れで直接観察されないかもしれません。したがって、現在の研究努力は、交雑種のパフォーマンスのために核動物の繁殖価値を予測するための核遺伝子評価プログラムに商業データを組み込む可能性を評価することに焦点を当てています（Christensen etal。Genet。Sel。Evol。（2015）47：98、doi： 10.1186 / s12711-015-0177-6）。これには、商業用豚と核内豚の間の遺伝的関係を追跡できるように、核から商業用豚までの追加の血統情報を収集する必要があります。

乗数および商業レベルで種雄牛およびダムの情報を追跡する従来のアプローチは費用がかかる可能性があり、通常、それ自体が典型的な商業群を真に代表していない可能性がある協力的な商業研究群を必要とします。この問題に対処する1つの方法は、交雑動物と核動物のゲノム情報を利用して、さまざまな群れレベルで遺伝的関係を組み合わせることです。このタイプのデータを使用したゲノム評価の重要な問題は、複数の集団（純血種、F3（YL）交雑種、XNUMX方向（D（YL））交雑種などの基本世代内および世代間の遺伝的関係をどのように定義するかです。

メタファウンダーとは何ですか？

メタファウンダーは、最も古い動物が生まれた可能性のある祖先のファウンダーと見なされる未知の親を持つ個人のグループです（Legarra etal。Genetics、Vol。200、455–468 June 2015、doi：10.1534 / Genetics.115.177014）。メタファウンダーグループは、遺伝的系統、性別、年齢など、何らかの形の類似性に基づいて作成されます。それらはそれらの間で関連していると見なされ、それらの間のそれらの関係はそれらのすべての子孫のゲノム関係に由来します。

遺伝的評価におけるメタファウンダーの使用

結合された純血種-交雑種の遺伝的評価を実施する目的ですべてのレベルの生産からのデータを使用する計画は、複数の血統のある集団のための結合された完全な関係を開発する機会を開きました。核のように血統が利用できる場合、貢献している各品種には独自の最も古い動物があり、他の純血種の集団からの最も古い動物とは無関係であると見なされます。

このシナリオでは、メタファウンダーを使用して、さまざまな品種の最も古い動物すべてに関係を作成し、さまざまな品種のデータセットをリンクします。ゲノム情報は、商用の交雑データのこれらの関係を推定するために使用され、メタファウンダーとすべてのデータソースを相互に接続します。

例として、表1は、すべての生産レベルから抽出された11頭の豚の血統設定を示しています。ランドレース（AF-L）、ヨークシャー（AF-Y）、デュロック（AF-D）の1つのメタファウンダーが、6つの品種すべてを接続するために作成されました。個体7〜9は、ランドレース、ヨークシャー、デュロックの各品種の純血種の創始者を表しており、10人のメタ創始者のそれぞれに由来すると想定されています。個体1〜11は、核内で生まれ育ったすべての純血種の豚を表しています。個体XNUMXは、乗数レベルでのすべての母体のFXNUMX交雑種豚（LY）を表し、個体XNUMXは、商業レベルでのXNUMX方向ターミナルクロス（D（LY））を表します。

この方法で完全な血統を作成することにより、さまざまな生産システムから出力されるすべてのデータが相互にリンクされ、遺伝的評価の目的で使用されることが保証されます。この取り組みの注意点は、良好で完全な関係を確立できるようにするために、すべての生産レベルで動物のジェノタイピングに関連する追加コストです。

繁殖価値予測に対するメタファウンダーの影響

業界のすべてのレベルからの大規模なデータセットを使用して遺伝子評価を実行することの明らかな影響に加えて、初期の研究結果（Xiangetal。JAnimSci。2017Apr; 95（4）：1472-1480。doi：10.2527 / jas.2016.1155 ; van Grevenhofetal。J.Anim。Sci。2019.97：548–558、doi：10.1093 / jas / sky433）は次のことを示しています。

育種価の精度の向上と遺伝的獲得率の向上。
選考候補者のランキングの向上。
近親交配の減少。

Genesus Research and Development Teamは、遺伝子評価システムの継続的な調査とレビューを行っており、現在、すべての核動物のゲノム純血種交雑種評価を実施するために、すべての生産レベルから遺伝子型と表現型を取得しています。この取り組みにより、Genesus Inc.は、すべての顧客のニーズを満たすために、Genesus育種株の遺伝的メリットを改善する上でリーダーシップを発揮し続けることができます。