Un autre outil génomique pour améliorer la taille des portées
Dr Chunyan Zhang, Phd, Généticien Genesus Inc.
La taille des portées est un facteur très important pour déterminer la rentabilité de la truie. Une limitation majeure de l'augmentation de la taille des portées est la perte embryonnaire qui survient au cours de la semaine 2 et 3rd de la gestation (Geisert et Schmitt, 2002, J Anim Sci 80, E54-E65).
De nombreux facteurs peuvent contribuer à cette perte et une cause possible de la mortalité embryonnaire précoce peut être l'existence de certains allèles nocifs (différentes formes d'un gène) pour les gènes essentiels qui conduisent à la mort fœtale peu de temps après la grossesse. La fréquence de ces allèles nocifs pourrait être réduite dans une population après une sélection à long terme pour une taille de portée importante, comme dans les races maternelles. Cependant, chez les races qui n'ont pas été sélectionnées pour une taille de portée accrue (par exemple, Duroc), ces allèles nocifs peuvent être ignorés (ou cachés) et à une fréquence plus élevée par rapport à celle des populations sélectionnées.
Habituellement, ces allèles nocifs font mourir le fœtus lorsqu'il est présent dans l'état homozygote (appelé récessif, une copie nuisible de chaque parent, par exemple aa). Quand ils sont présents à l'état hétérozygote (les allèles hérités de la mère et du père sont différents, comme Aa), l'individu survit et est phénotypiquement normal. Cet animal hétérozygote, connu comme porteur, est très difficile à identifier et peut donc continuer à propager les allèles nocifs dans la population.
La technologie génomique fournit maintenant une approche de pointe pour détecter de tels allèles nocifs qui devraient être relativement communs dans une population non sélectionnée, mais qui ne se produisent jamais dans l'état homozygote récessif chez les animaux vivants. Cette approche nécessite seulement des données génotypiques sur des individus phénotypiquement normaux (c.-à-d. Vivants) pour détecter les allèles nocifs au moyen d'une analyse statistique. Cette approche a été initialement utilisée chez des bovins laitiers et des allèles détectés associés à des défauts de fertilité (VanRaden et al., 2011, J Dairy Sci, 94, 6153-6161). Des études plus récentes ont commencé à s'intéresser aux porcs et ont trouvé des allèles associés à de plus petites portées et à d'autres porcelets mort-nés dans des lignées et / ou des lignées commerciales (Häggman et Uimari, 2017, 134, 129-135, Howard et al. 2017, 49, 57, Derks et coll., 2017, BMC Genomics, 18, 858).
Dans la base de données génomique Genesus, nous avons des milliers de porcs avec des données génotypiques informatives (60K, 80K, 650K et large de la séquence) qui nous permettent de rechercher ces allèles potentiellement nocifs liés à la taille de la portée, et d'estimer davantage leurs effets sur la fertilité des verrats grâce à notre grand ensemble de phénotypes. Notre effort initial s'est concentré sur les verrats Duroc utilisant des génotypes de 650K SNP. Il a été découvert que plusieurs régions du génome hébergeaient potentiellement des allèles nuisibles. A titre d'exemple, pour le SNP le plus significatif, nous avons prédit qu'il devrait y avoir 45 individus homozygotes récessifs (aa) mais aucun n'a été observé. La région contenant ce SNP était significativement associée à davantage de fœtus momifiés (P <0.001).
Par rapport aux rapports précédents chez les porcs (voir ci-dessus), les régions génomiques identifiées semblent être quelque peu spécifiques à la race ou à la population, bien que nous ayons vu quelques régions qui pourraient chevaucher les résultats précédents.
Ces résultats fournissent des informations précieuses pour potentiellement augmenter la taille des portées dans la population de Genesus Duroc. Cela conduirait non seulement à produire plus de porcs, mais à améliorer l'amélioration génétique grâce à une intensité de sélection plus élevée. Les approches pour réduire la fréquence de ces allèles nocifs incluent la sélection génomique et les plans d'accouplement basés sur la génomique utilisant la puce SNP personnalisée de Genesus.
La mise en œuvre de ces résultats de recherche contribuera de manière significative à l'objectif de Genesus d'augmenter la valeur et la rentabilité pour les clients de Genesus.
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Cette publication a été écrite par Genesus